传染病防制科：制定业务范围内传染病的控制规划、计划、方案，并组织实施；进行传染病预防与控制的综合管理、技术指导、业务培训、调查研究；开展防治效果评估及传染病疫情监测、新发现传染病监测及有关基本资料的收集、汇总与分析等工作。
2005年开始传染病疫情报告管理，基于中国疾病预防控制信息系统，中国疾病控制信息系统下设25个子系统，每个子系统都形成了国家、省、市、县、乡的多层级网络监测体系。医疗机构通过系统将疫情信息上报，完成传染病的主动监测，各级疫情人员每日登录系统浏览疫情信息完成传染病的被动监测。
传染病自动预警信息系统，提高了传染病疫情早期防控能力，在接到单病种预警信号后，2小时内完成核实并填报信息核实卡，其他预警信号于当日完成核实。对每起初步确认为疑似事件的预警信息，立即组织相关专业技术人员进行现场流行病学调查。
以霍乱、手足口病、细菌性痢疾、肾综合征出血热、布病、发热伴、狂犬病、猩红热、登革热、人感染H7N9禽流感等重点传染病防控工作为重点，传染病疫情信息报告管理、突发公共卫生事件应急处置、食源性疾病监测工作并重，开展传染病疫情信息报告管理及防控工作，加强传染病防控与疫情管理及卫生应急工作培训，疫情管理人员做到工作日随时、节假日定时、每天晚上十时前都进行网络监测。对于一般疫情进行及时的审核处理，一旦发现重大传染病立即报告分管领导并由领导指定相关科室和相关人员及时处理疫情。与基本公共卫生服务相结合加强对全市医疗机构的督导检查，加大对传染病防控工作的宣传力度。认真做好食源性疾病审核、督导及暴发疫情调查处置工作。
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