免疫预防科。承担免疫预防工作规划、计划的制定实施；接种门诊的管理培训、检查督导评价;制定生物制品使用计划；负责相关疫苗针对疾病的疫情报告、监测、流调、疫情处理；对疑似预防接种异常反应以及其他预防接种相关事件进行监测、调查和处理。
传染病防制科。制定业务范围内传染病的控制规划、计划、方案，并组织实施；进行传染病预防与控制的综合管理、技术指导、业务培训、调查研究；开展防治效果评估及传染病疫情监测、新发现传染病监测及有关基本资料的收集、汇总与分析等工作。
公共卫生应急处置科。承担中心突发公共卫生事件应急处理的日常工作；组织开展或协调相关应急事件的调查和处置；做好应急物资储备工作；组织制定、完善突发公共卫生事件应急处理相关预案的起草工作；组织和运行监测系统，管理监测数据，进行疫情网络直报；组织进行应急培训演练。
食品营养科。按计划完成食源性疾病监测任务，做好哨点医院监测工作质量控制；开展疑似食源性疾病事件信息的核实；哨点医院病例信息的审核和上报，技术指导和培训工作；食源性疾病事件的流行病学调查和网络报告；开展督导检查。
艾滋病防制科。承担制定艾滋病防制工作计划;开展艾滋病监测、管理、治疗转介、干预、健康教育、培训等工作；负责全市艾滋病系统的管理，包括疫情监测报告系统、抗病毒治疗网络、自愿咨询检测;开展寄生虫病预防控制工作;做好各项工作记录。
慢性非传染病防制科。负责拟定全市慢性非传染性疾病的防治规划及方案实施；建立全市慢病监测系统，开展流行病学调查研究，并进行督导考核、技术培训及业务指导；负责推动国家级和省级慢性病防治工作的示范、试点的日常技术监督与质量管理。
地方病防制科。负责拟定全市地方病防治规划及方案的组织实施；开展碘缺乏病和地方性氟中毒相关地方病监测，进行技术指导、工作督导、业务培训、宣传教育及对策建议。
健康教育科。指导全市城市社区和农村开展健康教育与健康促进工作；组织开展大众卫生科学知识传播活动，设计、制作和分发健康教育传播材料；负责基层健康教育人员的技术培训和业务指导；居民健康素养监测；烟害监测与评估。
学校卫生科。拟定全市学校卫生工作的业务计划、方案，并组织实施、监督和评价；负责学生常见病防制和健康状况监测管理工作；开展影响学生健康的学校卫生相关因素、危险因素的监测工作，开展学生生长发育监测、评价工作。
检验科。承担与疾病预防控制工作相关的食品安全、饮用水安全、公共场所有毒有害因素、突发公共卫生事件应急、不明原因疾病病原学和从业人员健康查体等领域的检验工作，负责实验室运行的质量管理工作。
预防保健科。依申请对公共场所、食品生产经营单位等从业人员进行健康查体；负责登记、报告各种从业人员的查体单，提供诊断“五病”人员的有关检查数据。
职业卫生科。参与拟定全市职业卫生规划、计划、技术方案；承担职业卫生突发事件的调查和技术处理；开展环境、职业与人群健康关系的调查研究；开展职业危害因素造成伤害，职业相关疾病的调查处理及研究。
放射防护科。参与全市医疗机构以及非医疗机构医用辐射防护信息的监测、收集、上报、分析，保护医疗卫生机构及非医疗机构放射工作人员、患者和公众的健康权益，保障人民健康；参与核和辐射突发事件医学应急工作。
消毒与病媒生物防制科。制定消毒与病媒生物防制计划并组织实施；开展院内消毒质量检测，特种行业的消毒技术指导、消毒效果监测；开展病媒生物种群密度与消长调查；负责业务培训，技术指导和咨询服务；对疫源地和灾区的消毒处置进行技术指导。
公共卫生监测与评价科。完成国家、省、市下达的重大疾病预防控制的指令性任务；开展全市食品安全、生活饮用水、涉水产品、公共场所和室内环境及集中空调通风系统等危害因素的基础调查、卫生检测、卫生措施实施与效果评价。
精神卫生科。负责调查并掌握我市精神病的发病规律，提出防治方法，做好防治工作；负责培训、指导各镇街卫生院防治医生的业务工作；编制年度工作计划并监督落实。
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